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麦克阿瑟估计到，日军主力将在仁牙因湾登陆，由于美国空军已损失殆尽，陆军也减员一半，无法阻挡。因此，美菲军队便主动撤退到巴丹半岛，凭借科雷吉多尔要塞进行防守，并宣布马尼拉为不设防的城市，虽然这时日军离首都还有150公里。
1942年1月2日，日军进入马尼拉。
东条英机的侵略野心很大，但兵员不足，力不从心。就在日军进入马尼拉的当天夜里，东条又指令南方军司令向巴丹半岛发动进攻，但因兵力不足未能得逞，且损失重大。东条对巴丹前线进展不力大发脾气。他在发给前线司令部的电报说：“处处都在奏捷，只有菲律宾除外。”这对本间雅晴司令官来说，是一个很大的压力。这里的天气又闷又热，气温高达华氏95度。这位将军内心如煎，在巴丹战役中，他已经丢了近7000人，还有1万人患了疟疾、脚气和痢疾。他两次要求增援，两次遭到拒绝。
在美军方面，困难更多，不仅士气低落，而且粮食已成了头痛的问题。前线部队每天的口粮只有平常的1/3。几次想通过日本海上封锁线向巴丹和科雷吉多尔运送给养的努力都遭到了失败。骑兵的马已经没有什么饲料可喂了，温赖特将军含着眼泪下令把所有的军马都杀了，包括他自己心爱的良驹约瑟夫·康拉德在内。
到了2月中旬，军内病倒的人多到了惊人程度。巴丹是世界上疟疾最猖獗的地区之一，而奎宁已几乎断了来源。由于饥饿和痢疾，兵员身体虚弱，仅3月份第一个星期就有500多人患疟疾住院，医生们担心疟疾即将流行。尽管还有人在说什么一支“一英里长”的船队满载给养和增援部队正在驶来，但无论是菲律宾部队还是美国部队都传诵着战地记者弗兰克·休利特写的一首诗：
我们是巴丹的孤零兵，
没爹没妈也没山姆大叔，无姑姨无叔伯也无兄弟，
病无药，战无飞机大炮，
哪有人把我们放在心上来关照。
为了解决战场僵持的局面，3月间，东条又向菲律宾前线增派了两个步兵师团和两个炮兵团，大举进攻又重新开始。就在这时，美国政府为了保全面子，免得麦克阿瑟将军当了日军的俘虏，便命令他把军队交给温赖特中将指挥，让他自己到澳大利亚去担任新成立的西南太平洋地区盟军总司令。3月11日晚，麦克阿瑟携夫人和4岁的儿子，乘着巴尔克利上尉的鱼雷艇偷偷地离开了科雷吉多尔。
在尔后紧张的45小时里，巴尔克利指挥PT—41艇穿过被日军控制的海面，于13日天刚亮的时候在棉兰老岛北岸靠近台尔蒙菠萝罐头厂附近靠岸登陆。下船时，麦克阿瑟脸色苍白，眼圈发黑。他对巴尔克利说，他要为他和艇上人员申请银星章。“你们把我从虎口中救了出来，我不会忘记的。”
次日上午，麦克阿瑟的飞机在达尔文港南面30英里的巴切勒拉机场着陆。“好险!”他对在跑道上焦急地等着他的人说。“不过战争就是这样。胜败生死都只有瞬息之差。”麦克阿瑟抵达目的地后对记者说，“我来了，但是我还要回去。”
东条本来就为巴丹的僵局不高兴，得悉麦克阿瑟大胆脱逃后更加不快。他再也不相信，本间没人支援也有能力迅速取胜。东条不愿自己去向陆军参谋总长杉山直接谈，而是派他的秘书官西浦进大佐去转达他对巴丹的“悬念”。
麦克阿瑟的临阵脱逃，在美国军队中也引起了对他的蔑视，越来越多的人感到老麦把他们抛弃了，所以当时军队中流行着一首用《共和国战歌》的曲调写的讽刺歌曲：
老麦老麦不窝囊，
做事谨慎不能算胆小，
富兰克林造的金星他得保护好。
四星上将和巴丹的美味一样少，
可知他手下的士兵饿得心直跳。
4月2日是耶稣受难日的前夕。更有意义的是，这一天也是日本传说中第一个皇帝、神武天皇的生日前夕。夜幕降临时，5万日军已经集结待命，准备大举进攻。在他们后边，150门大炮、榴弹炮和迫击炮，准备举行这次战役开始以来最猛烈的炮击。
在前线的另一边是78万名饿得发慌的美军和菲律宾军，其中只有2.7万人是列为“有战斗力”的人员，而这些人中间却有3/4因患过疟疾而身体虚弱。一早，天气就晴朗。10点钟炮击就开始了。在日军强烈炮火攻击下，美军和菲军乱作一团，纷纷弃阵而逃，有的走小路，有的翻山越岭，有的则沿着海岸公路跑。到处是混乱，这些筋疲力尽的人在恐怖的驱策下迈动着脚步。
第三部分横扫东南亚第34节横扫东南亚(3)
4月9日，吕宋部队司令爱德华·金少将率部投降，万名美军和菲律宾军作了日军的俘虏。科雷吉多尔要塞守到5月6日。7日深夜，美远东军司令温赖特通过马尼拉电台命令菲律宾所有的美、菲军队无条件投降，拒绝投降者以逃兵论处。尽管如此，棉兰老的36万名军队只有7000人(主要是美国人)向日军投降，其余29万人拒绝服从命令，带着武器上山打游击去了。至此，日本帝国主义侵占